Die Versammlung ist das höchste Leitungsorgan der IMO. Sie ist für die Genehmigung des Arbeitsprogramms und des Haushalts, finanzielle Regelungen und die Wahl des IMO-Rates verantwortlich. Die Versammlung besteht aus allen IMO-Mitgliedstaaten und tritt alle zwei Jahre zusammen.
Der Rat ist das Exekutivorgan der IMO und hat unter der Leitung der Versammlung die Aufgabe, die Arbeit der Organisation zu überwachen.