Ассамблея является высшим руководящим органом ИМО. В ее функции входит одобрение программы работы и бюджета, решение финансовых вопросов и избрание Совета ИМО. Ассамблея состоит из всех государств-членов ИМО и созывается раз в два года.
Совет является исполнительным органом ИМО и под руководством Ассамблеи осуществляет контроль за деятельностью Организации.